El Colegio San Francisco de Machalí o CSFM fue fundado el año 1997, su Resolución de Reconocimiento es la Nº 256 del 04 de Marzo de 1998, siendo reconocido en la comunidad como uno de los Colegios Particulares Subvencionados con mayor apertura y preparación para atender la diversidad.
Se inicia en el año 1997, con la sostenedora Sra. María Angélica Beltrán Medina. Se ingresa a la Jornada Escolar Completa en el año 1998 desde 3º a 8º básico. Se alcanza la Excelencia Académica, los años 2005-2006
En el año 2007, se hace cargo una segunda sostenedora, Sra. Nancy Barrientos Velásquez. Se alcanza la Excelencia Académica en los 2010 – 2011. Se Ingresa a ley SEP en el año 2010, donde se firma un Convenio de igualdad y equidad de la educación, por 4 años. También el Año 2010 se inicia el Programa de Integración (Decreto 170). Y se ingresa a la Jornada Escolar Completa a 1º y 2º básicos.
En el año 2011 asumen como sostenedores los actuales representantes legales: Eduardo Aedo Barrientos, Lucy Ramos Cortés, Miguel Alejandro Ramos Cortés, Verónica Rodríguez Seco; quienes rescatan la trayectoria del Colegio y se plantean nuevas metas educativas. El Año 2011 se incorpora a la JEC la Educación Parvularia. En el año 2012 se inicia la Enseñanza Media, también en modalidad JEC, logrando la primera promoción de este nivel en el año 2015, alcanzando 4 promociones a la fecha.
Se alcanza la excelencia académica los años 2014-2015, 2016-2017. El año 2015 se renueva por 4 años el Convenio de igualdad y equidad de la educación.
En el año escolar 2018, el Colegio es autorizado para cambiar de financiamiento compartido a gratuito, por Resolución exenta 1577 del 23 de Nov. de 2017, pasando a ser parte de la Fundación EducAtodos, manteniendo la normativa educacional vigente. A cargo de los mismos sostenedores quienes constituyen un Directorio.
Se Inicia el periodo escolar 2019, con la renovación por un tercer periodo el Convenio de igualdad y equidad de la educación (2019 a 2022). A medida que el Colegio ha ampliado sus niveles de enseñanza, ha ido incorporando Profesores Especialistas, fortaleciendo el Equipo Técnico Pedagógico y Equipo Multidisciplinario. En marzo 2019 se agrega al Equipo de Convivencia escolar a una Asistente Social y el apoyo externo de un abogado educacional.